Şu anda AFYONKARAHİSAR ili İSCEHİSAR ilçesine bağlı olan köyümüzün tarihini tam olarak bilemiyoruz. Ancak İSCEHİSAR tarihi ile paralel olarak varsayımlardan yola çıkarak, bir takım ipuçları bulmamız mümkündür. Önce frigoya medeniyetinin önemli şehirlerinden birisi olan kadı şehrine yakın, havası güzel, suyu güzel olan KARAKAYA köyünün yerleşim alanı o tarihlerde de önemini koruduğu muhakkaktır. Çünkü; köyümüzün çevresinde çok sayıda eski medeniyetlere ait yerleşim kalıntılarının varlığını bu gün bile görmekteyiz.

 Türklerin Anadolu'yu fethetmeleri ve arkasından buralara yerleşmeleri ile birlikte yerleştikleri yerlerde yeni köyler kurmuşlardır ve buralara yeni adlar vermişlerdir. Bu adları verirken genellikle, mensup oldukları boyların adlarını veya daha önce geldikleri beldelerin adlarını vermeyi adet haline getirmişlerdir. Ancak eğer yerleştikleri yerlerde önceki medeniyetlere ait kalıntılar varsa, belkide onların hatıralarına saygı göstermek için köyümüze sahip çıkmalıyız .

Buradan hareketle karakaya köyü ve civarında özellikle Bizanslılar denilen doğu  ve yunanlılardan kalma kalıntılara rastlamak mümkündür. bu bazen bir mermer parçası, bazen omlara ait olduğu düşünülen topraktan yapılmış kap-kacak veya bir mezardır.Karakaya köyü sınırında bulunan yerlerde YUNANLILARA  ait olduğu zannedilen bir yerleşim yeri kalıntıları ve bunlara ait mezarlar bugün bile varlığını muhafaza etmektedir.

Karakaya  köyü yakalşı olarak 1700 lü yıllarda kurldugu tahmın ediliyor.